Shinichi Kudo, seorang detektif tuan berusia tujuh belas tahun, memilikinya. Dia dapat menyelesaikan apa-apa kes yang dibawa ke perhatiannya dan dalam masa rekod. Rakan sekolah tinggi, berlari, adalah pakar karate, dan ayahnya adalah p.i. Siapa yang digerakkan oleh fakta bahawa Shinichi mendapat semua kes besar. Suatu hari, sementara Shinichi dan berlari berada di taman hiburan, pasangan itu dipisahkan. Shinichi menangkap angin kesepakatan kotor turun, dan mata-mata pada sepasang lelaki dalam trenchcoat gelap. Dia ditangkap dan lelaki menggunakan racun eksperimen kepadanya, berniat untuk membunuhnya. Walau bagaimanapun, perkara tidak berfungsi dengan tepat seperti yang dirancang. Apabila Shinichi datang ke deria, dia mendapati dia merosot ke saiz seorang grader keempat. Dia pergi ke pencipta Goofball yang tinggal di sebelahnya untuk mendapatkan bantuan, dan pencipta bersetuju untuk memberinya tangan. Apabila Ran datang mencari Shinichi, dia dan pencipta datang dengan cerita yang mengatakan bahawa Shinichi adalah seorang anak bernama Conan Edogawa (Conan seperti di Sir Arthur Conan Doyle). Ran menawarkan untuk membiarkan "Conan" tinggal bersama keluarganya sementara "keluarga" beliau pergi. Shinichi kemudian menjadikannya misi untuk satu hari mencari orang-orang yang meracuni dia dan mendapatkan penawar. Oleh itu, menyimpulkan backstory kepada siri ini. Dalam setiap episod, Conan menyelesaikan kes yang berbeza dalam gaya semua persembahan detektif yang baik, memberi petunjuk untuk membantu penonton cuba meneka siapa penjahat itu, ketika cuba mengekalkan identiti sebenar rahsia.